La historia prehispánica del Departamento del Huila, se remonta, entre otras, a la presencia en su territorio de la cultura Agustiniana, situada entre los años 3300 A.C y los 1550 D.C. La importancia de esta cultura ha sido reconocida por la UNESCO cuando en 1995 les confirió a los parques Arqueológicos de San Agustín, Alto de Los Ídolos y Alto de Las Piedras en Isnos, la categoría de Patrimonio Histórico y Cultural de la Humanidad.
Cuando llegaron los conquistadores españoles, la región del actual departamento estaba poblada por numerosas comunidades indígenas que se opusieron con tenacidad y valor a los invasores; en el norte los Pijaos, en el sur los Andaquíes y yalcones, en el occidente los Paeces y en el oriente los Tamas.
La primera expedición que logró atravesar la cordillera y llegar al valle, estaba comandada por Sebastián de Belalcázar y tuvo que enfrentar a los aborígenes, que desde ese momento libraron violentas luchas para defender su territorio y su libertad; entre estas contienen se destaca, por el valor de su protagonista, la que sostuvo contra el conquistador Pedro de Añasco, la Cacica la Gaitana, quien se rebeló porque su pueblo estaba siendo despojado de sus tierras y obligado a pagar tributos a los españoles; como ella se opuso a que Añasco convirtiera en su servidor a Timanco, su hijo, aquel ordenó que el muchacho fuero quemado vivo en presencia del pueblo, para que sirviera de escarmiento. Para vengarse de Añasco y de sus soldados, la Gaitana dio comienzo a una lucha encarnizada que le permitió capturar a su enemigo; le sacó los ojos y lo condujo así por todo el pueblo. Aunque después, esta mujer valiente y orgullosa desapareció de la escena de la guerra, su espíritu y el recuerdo de su rebeldía se han mantenido vivos a través de los siglos, entre el pueblo Huilense.
Neiva, la capital del departamento, fue fundada originalmente por Juan Cabrera en el territorio que corresponde a Otás, pero los aborígenes la destruyeron. Juan Alonso la fundó de nuevo en donde hoy se encuentra villavieja, pero también fue destruida. Finalmente, el 24 de mayo de 1612 el capitán Diego de Ospina y Medinilla, cancilleres de Nuevo Reino de Granada, la fundó en forma definitiva a orillas del Magdalena y la llamó La Villa de la Limpia Concepción del Valle de Neiva.
